La forma correcta de actualizar e instalar Drupal hoy día es utilizar el comando composer con SSH. Esto garantiza las dependencias y actualización de las librerías relacionadas.
Para actualizar módulos o temas en Drupal es necesario que la instalación se haya realizado con el comando composer.
En este punto es necesario aclarar el concepto de una actualización; en inglés tenemos 2 palabras - update y upgrade -. Ambas hacen referencia a una actualización.
Update es una actualización menor
drupal/modulo 1.13.0 => 1.14.0
Upgrade es una actualización mayor o mejora
drupal/modulo 1.13.0 => 2.1.0
Los procedimientos para actualizaciones mayores se explican en otro artículo.
Si bien es posible actualizar módulos desde la interfaz de administración, solo se actualiza el módulo pero no las librerías asociadas.

Preliminares
Directorio raíz de una instalación Drupal utilizando composer. El directorio web es el que contiene los archivos a los cuales se tiene acceso por internet.
En los archivos composer.* Queda registrada la actividad en las acciones que se realizan utilizando composer.
El directorio vendor contiene librerías y herramientas para su instalación
-rw-r--r-- 1 expresiona.net_77 psacln 3947 Apr 12 16:29 composer.json
-rw-r--r-- 1 expresiona.net_77 psacln 277765 Apr 12 16:29 composer.lock
drwxr-xr-x 29 expresiona.net_77 psacln 4096 Apr 12 16:29 vendor
drwxr-xr-x 7 expresiona.net_77 psacln 4096 Apr 12 17:59 web
Primer paso - determinar los módulos en donde existen actualizaciones.
$ composer outdated "drupal/*"

Cuando se trata de unas pocas actualizaciones detectadas por composer, se recomienda utilizar el comando
$ composer update
De esta forma se actualiza el módulo y sus dependencias.
Cuando se desea actualizar un módulo específico utilice la opción -W en el comando comando -
$ composer update drupal/token -W - eso hace que se actualicen las dependencias.
Para finalizar ejecute los comandos drush para actualizar la base de datos cuando hay cambios en ella.
$ drush updb
[success] No pending updates. - Mensaje si no hay actualizaciones para la base de datos.
Finalice limpiado Caché
$ drush cr